Soul Eater raconte l'histoire de 3 jeunes apprentis manieurs d'armes, de l'école Shibusen, où ils apprennent à devenir de vrais manieurs d'armes confirmés. L'école Shibusen a été construite par Shinigami-sama. Ces manieurs possèdent des armes humaines pouvant prendre l'apparence d'armes diverses, appelées "armes démoniaques". En leur faisant manger 99 âmes de pré-démon et 1 âme de sorcière, ils les transformeront en Death Scythe , des armes démoniaques plus puissantes et plus évoluées. Tout serait bien si c'était aussi simple, malheureusement de nombreux obstacles barrent la route des protagonistes
